Komáromban, Jókay József és Pulay Mária gyermekeként, kisbirtokos nemesi családban született mint Jókay Móricz (az y-t i-re később a polgárosodás jegyében cserélte). Apja elszegényedett nemes volt; miután a földjeit kénytelen volt eladni, ügyvéddé lett.

Jókai Mór iskoláit Komáromban és Pozsonyi Református Gimnáziumban végezte, ahová a német nyelv elsajátítása céljából küldték szülei, majd a pápai református kollégiumba került, ahol végül az érettségit letette. Az önképző körben barátságot kötött Petőfi Sándorral. Ekkoriban jelentek meg első elbeszélései.

Bár Kecskeméten jogi végzettséget, majd Pesten ügyvédi gyakorlatot szerzett, 1844-ben, első regényének, a Hétköznapoknak a sikere után hátat fordított a jogászi pályának és az írásnak szentelte életét. 1846-ban a Tizek Társaságának tagja lesz; kezdetben a társulat saját újságját, a Pesti Füzeteket, majd annak betiltása után a társaság új lapját, az Életképeket szerkeszti.

Az 1848-49-es forradalomban és szabadságharcban tevékeny részt vállalt: segített a 12 pont megfogalmazásában, nemzetőrnek állt, a Pesti Hírlap és az Esti Lapok hasábjain Habsburg-ellenes írásokat publikált, küldöttségben járt a bécsi felkelőknél és a hivatalos lap társszerkesztőjeként Debrecenbe is elkísérte a menekülő kormányt. 1848-ban ismerte meg Laborfalvi Rózát, akit augusztus 29-én feleségül vett. A házasság komoly felzúdulást váltott ki mind családja, mind barátai körében (ekkor szakítja meg barátságát Petőfivel), mivel az akkor már ismert és sikeres színésznő idősebb volt Jókainál és volt egy házasságon kívüli gyermeke is.

A szabadságharc bukása után bujkálnia kellett, ezért Tardonára menekült. Ezt az időszakot meséli el az Egy bujdosó naplója című műve. 1849-ben, részben felesége közbenjárására, aki számára komáromi menlevelet szerzett, kegyelmet kapott és visszatérhetett otthonába.

Nagyon sok regényt írt és már az 1850-es években hatalmas népszerűségre tett szert. Az 1850-es évek volt legtermékenyebb időszaka; ezáltal ő lett az első magyar író, aki honoráriumaiból nagypolgári színvonalon élhetett. Sokat utazott, 1853-ban járt először Erdélyben. Feleségét is többször elkísérte fellépéseire, 1857. szeptember 3-án Jókai nyitóbeszédével és Laborfalvi Róza vendégjátékával nyílt meg a Miskolci Nemzeti Színház. Ugyanebben az időszakban derült fény tüdő- és szívbajaira.

1858 decemberében a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagja lett, 1860-ban a Kisfaludy Társaság tagjai közé választották. 1861-ben Siklósvárosának képviselője lesz; a Teleki-féle Határozati Párt tagja is lesz; annak feloszlása után a Tisza István-féle párt színeiben indul (1875)
Közben különböző újságokat indított: 1856-ban a Nagy Tükör, 1858-ban az Üstökös című élclapot, 1863-ban A Hon című folyóiratot alapította meg. A lap egyik vezércikkét a kormányzat sértőnek találta, így Jókait, mint felelős szerkesztőt, sajtóvétségért egy év börtönbüntetésre ítélték. A börtönből egy hónap múlva szabadult. Az 1880-as években visszavonult; sorra lemondott lapjai szerkesztéséről, csak a Hon és az Ellenőr egyesüléséből keletkezett Nemzetnek, majd megszűnése után utódjának, a Magyar Nemzetnek maradt haláláig névleges főszerkesztője. Ez időtájt sokat időzött külföldi gyógyfürdőknél, svábhegyi kertjében, illetve balatonfüredi villájában.

1894-ben Jókai Mór ötvenéves írói jubileuma alkalmából hatalmas lelkesedés kíséretében megjelentették műveinek százkötetes díszkiadását és a budapesti Királyi Magyar Tudományegyetem díszdoktorává is avatta.

1886. november 20-án meghalt felesége, Laborfalvi Róza. Jókai ettől kezdve fogadott unokája, Jókai Róza (Benke Róza leánya) házában élt, aki Feszty Árpád festőművész felesége volt. Viszonyuk

1899-ben megromlott, mert az idős író szeptember 16-án feleségül vette az akkor 20 esztendős Nagy Bellát. Az eseményt a közvélemény is óriási felháborodással fogadta. A pár nem törődött atámadásokkal, számos külföldi utazáson vettek részt, és Jókai töretlen lendülettel írta regényeit, mint Az én életem regénye, A mi lengyelünk, Ahol a pénz nem isten vagy A börtön virága, bár ezek színvonala már nem érte el a korábbi remekművekét.

Jókai Mór 1904-ben, életének 79. évében hunyt el tüdőgyulladásban.