Debrecenben született (1766), apja jómódú "cívis": gyógykovács és állatorvos volt. A híres debreceni kollégiumban taníttatta fiát, akit tudományos pályára szánt. Fazekas azonban tizenhat éves korában megelégelte a kollégiumi életet, s beállt közhuszárnak. Tizennégy esztendeig katonáskodott, részt vett II. József, majd Ferenc császár törökországi és moldvai hadjárataiban, 1793-ban pedig a császári csapatokkal a francia köztársaság ellen vezényelték. A franciák ellen folytatott háború kellős közepén megundorodott az igazságtalan vérontástól, s 1796 végén főhadnagyi rangban kilépett a hadseregből.

Hazatért szülővárosába, s ettől fogva élete végéig a tudománynak és az irodalomnak élt. Kertészkedett, füvészkedett, csillagászattal foglalkozott, részt vett a város közügyeiben, s baráti körével -s e körben Csokonaival - élénk szellemi életet teremtett Debrecenben. 1807-ben Diószegi Sámuellel közösen kiadta a magyar növénytani irodalom egyik legjelentősebb alkotását, a Magyar Füvészkönyvet.

1819-től pedig minden évben szerkesztett egy-egy kalendáriumot polgártársai okulására. Ezek voltak az első magyar naptárak, amelyekből kimaradtak a babonás jövendölések. Élete vége felé csillagászati szakkönyvet is írt. Miután barátai sorra elhaltak mellőle, egyre visszavonultabban élt,s akár Csokonait, őt is a tüdőbaj vitte el, 62 éves korában. Gazdag és értékes költői életművet hagyott maga után. Költészetében a felvilágosodás, a haladás nagy eszméit szólaltatta meg, közvetlen egyszerűséggel, a nép nyelvén és hangján. Mint lírikus is korának nagy költői közé tartozik, elbeszélő költeménye, a Ludas Matyi pedig örökre halhatatlanná teszi nevét.